Jednak poza technicznymi trudnościami, KSeF niesie za sobą również istotne ryzyko związane z kontrolami podatkowymi, na które przedsiębiorcy muszą być szczególnie przygotowani. Wprowadzenie faktur ustrukturyzowanych zapewni organom skarbowym dostęp do danych w czasie zbliżonym do rzeczywistego, co oznacza większą transparentność, ale równocześnie wyższe wymagania dotyczące poprawności i spójności danych przesyłanych przez firmy.
KSeF zostanie wdrożony w dwóch głównych etapach. Od 1 lutego 2026 r. obowiązek korzystania z systemu obejmie duże przedsiębiorstwa, których wartość sprzedaży w 2024 roku przekroczyła 200 mln zł brutto. Od 1 kwietnia 2026 r. KSeF stanie się obligatoryjny dla pozostałych podatników VAT, czyli zdecydowanej większości firm w Polsce. Dodatkowo najmniejsze przedsiębiorstwa, osiągające sprzedaż nieprzekraczającą 10 tys. zł miesięcznie, będą mogły korzystać z okresu przejściowego do końca 2026 r., a od 1 stycznia 2027 r. obowiązek obejmie także tę grupę. Oznacza to, że praktycznie wszystkie firmy z sektora TSL - zarówno przewoźnicy, operatorzy logistyczni, jak i spedytorzy - będą musiały przygotować się na nowy sposób wystawiania i odbierania faktur. Po wejściu w życie obowiązku wystawianie faktur poza KSeF nie będzie możliwe, z wyjątkiem szczególnych przypadków przewidzianych w okresach przejściowych.
